Ślady osadnictwa w miejscu dzisiejszego Malborka datowane są na młodszą epokę kamienia, w pobliżu natrafiano także na relikty rzymskie. W XII i na początku XIII wieku Pomezania, na której leży Malbork, zamieszkana była dość gęsto jak na tamte czasy. Duże połacie kraju pokrywały puszcze, gdzie na podmokłych łąkach bujna trawa, pasły się stada zwierzyny, jeziora zaś obfitowały w ryby.
Część terenu Pomezanii została zdobyta przez książąt pomorskich. Za ich sprawą na prawym, wysokim brzegu Nogatu powstał gród Zantyr wraz z podgrodziem. Na skutek polityki Sambora, jednego z dwóch braci potężnego księcia Świętopełka, Zantyr podarowano w 1250 Zakonowi. Około 1274 Krzyżacy zaczęli wznosić, częściowo z materiałów uzyskanych z rozbiórki starych zabudowań klasztornych grodu w Zantyrze, silnie ufortyfikowany zamek w dolnym biegu Nogatu. Budowany zamek i otaczające go miasto nazwano Marienburg, czyli gród Marii, od imienia patronki Zakonu. W 1280 do zamku przeniesiono konwent zakonu z Zantyru.
W latach 1309–1457 Malbork był siedzibą wielkiego mistrza zakonu krzyżackiego i stolicą państwa zakonnego.
W latach 1466–1772 Malbork był stolicą województwa malborskiego I Rzeczypospolitej. Po I rozbiorze Polski, jesienią 1772 roku do Malborka wkroczyły wojska pruskie, a polski wojewoda Michał Czapski i jego administracja zostały usunięte. Malbork w 1773 roku włączono do nowoutworzonej prowincji Prusy Zachodnie ze stolica w Gdańsku. Po 1919 roku Malbork wszedł w skład Rejencji zachodniopruskiej, a w latach 1939-1945 roku do Rejencji kwidzyńskiej Okręgu Gdańsk-Prusy Zachodnie.
Pomiędzy styczniem a marcem 1945 atakująca Armia Czerwona dokonała zniszczeń w 80% substancji budowlanej Malborka. Po wojnie stopniowe usuwanie szkód wojennych sprowadzało się do systematycznego wyburzania pozostałości zabudowy malborskiego Starego Miasta. Odzyskaną cegłę oddawano na odbudowę Warszawy. Takie działania władz Malborka spowodowały, że na początku lat 50. na terenie starówki nie pozostało żadne historyczne zabudowanie. Jedynymi ocalałymi reliktami gotyckiego miasta jest kościół farny, ratusz, dwie bramy miejskie i fragmenty murów obronnych. Obecnie stare miasto Malborka zajmuje osiedle czteropiętrowych bloków. Zachowano natomiast układ średniowiecznych ulic z długim rynkiem i ulicami gospodarczymi, odrestaurowano ratusz, kościół św. Jana, dwie wieże bramne, fragmenty murów obronnych i gotyckie mury szkoły.
